Comparaison de différentes méthodes de concentration et de détection des virus entériques dans des boues

Comparison of different methods concentration and detection of the enteric viruses in sewages sludges

Laboratoire Départemental Frank Duncombe, 14053 Caen Cedex 4

Reçu : 18 Juin 2007
Accepté : 25 Août 2007

Résumé

Deux méthodes appliquées à la recherche des virus entériques dans les boues de station d’épuration ont été étudiées. Dans un premier temps, les deux méthodes, comprenant chacune une étape de concentration et une étape de détection par culture cellulaire, ont été comparées entre elles. Dans un second temps, seules les techniques de concentration ont été comparées en analysant les concentrats par RT-PCR (Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction). Trois types de virus entériques (entérovirus, rotavirus, virus de l’hépatite A) ont été recherchés dans différentes boues (stabilisées ou non et chaulées ou non). Les résultats obtenus avec les deux méthodes sont cohérents. Toutefois, l’une d’entre elles, bien que légèrement moins sensible, offre un certain nombre d’avantages, notamment en termes de facilité de mise en œuvre et de délai de réponse. L’utilisation de la RT-PCR pour cette comparaison a permis de confirmer l’intérêt de cette technique en termes de coût et de rapidité. Elle constitue également une alternative intéressante pour les virus qui se multiplient mal en culture cellulaire. Enfin, les résultats des différentes analyses réalisées au cours de cette étude, et notamment les résultats de dénombrement, montrent que le procédé d’hygiénisation des boues permet de diminuer l’infectiosité des entérovirus.

Abstract

Two methods applied to enteric viruses detection in sewage sludge were studied. At first, both methods, each including a concentration stage and a detection stage by cell culture, were compared. Subsequently, concentration techniques were compared by analysing the concentrates by RT-PCR. Three types of enteric viruses (enteroviruses, rotavirus, hepatitis A virus) were looked for in different sewage sludge (stabilized or not and limed or not). Infectiosity can estimate only cell culture. No enteroviruses were detected in limed sewage sludge whatever the method used which indicates that the process of sewage hygienization allows to decrease enteroviruses infectiosity. For stabilized or not sewage sludge, no significant decrease is observed. The results in cell culture on 46 analyses (stabilized or not sewage sludge) show that both methods are coherent at 78% (Fisher test, p = 0.0089). Moreover, in 92% of the cases, by RT-PCR, both methods give the same results. Limed sewage sludge contain more inhibitors of RT-PCR than stabilized sewage sludge (53% versus 27%). Stabilized sewage sludge do not contain inhibitors of RTPCR. Although one of the methods is slightly less sensitive, it appears to be easier to use and to give quicker results than the other one. This study confirms that RT-PCR is an interesting detection technique in terms of cost and speed. It is also a good alternative for viruses detection which multiply with difficulty in cell culture.