Etude phénotypique des souches de Pseudomonas à pigment fluorescent isolées de deux eaux minérales naturelles

A phenotypical study of fluorescent Pseudomonas strains isolated from two natural mineral waters

¹ Service de bactériologie, Faculté de pharmacie, 3, rue du Pr. Laguesse, B. P. 83, 59006 Lille, cedex France
² Service de Bactériologie-Hygiène, Faculté de médecine Henri Warembourg (Pôle recherche), 1, Place de Verdun, 59045 , Lille, France

Résumé

131 souches de Pseudomonas à pigment fluorescent isolées de deux eaux minérales naturelles, 55 souches types ou de collection appartenant ou apparentées au genre Pseudomonas ainsi que 13 souches de Pseudomonas décrites par Verhille S., Elomari M., Coroler L., Izard D., Leclerc H. (Syst. Appl. Microbiol. 20, 137-149, 1997), ont été étudiées par analyse numérique de 162 caractères phénotypiques. La similitude entre les souches a été calculée par l'indice de Dice et la classification a été établie par la méthode hiérarchique d'agrégation selon la distance moyenne. Treize groupes (XXX à XXXXII) ont été définis à un niveau de similitude de 58%. L'abaissement du niveau de coupure permet d'individualiser 20 sous-groupes à l'intérieur des groupes phénotypiques suivants: XXXII, XXXIII, XXXV, XXXVII et XXXVIII. Cinq groupes: XXXIIb2 (17 souches), XXXVd3 (7 souches), XXXVd4 (25 souches), XXXVIIIa (8 souches) et XXXVIIIb2 (15 souches), contiennent uniquement des souches provenant des eaux minérales naturelles, sans aucune souche type ou de collection. L'hybridation ADN/ADN et le séquençage de l'ADN codant pour l'ARNr 16S seront nécessaires pour définir la position taxonomique de ces cinq groupes phénotypiques au sein du groupe " fluorescent ".

Abstract

One hundred and thirty one strains of fluorescent Pseudomonads, isolated front two natural mineral waters, together with fifty five type or collection strains belonging or related to fluorescent Pseudomonas strains and thirteen strains from the published work of Verhille S., Elomari M., Coroler L., Izard D., Leclerc H. (Syst. Appl. Microbiol. 20, 137-149, 1997), were classified by 162 phenotypical tests. Thirteen clusters (XXX to XXXXII) were formed at 58% similarity level when the Dice similarity coefficient (SD) and the unweighted pair group algorithm with arithmetic averages were used. Clusters XXXII, XXXIII, XXXV, XXXVII and XXXVIII were further divided into twenty subclusters. Five groups : XXXIIb2 (17 strains), XXXVd3 (7 strains), XXXVd4 (25 strains), XXXVIIIa (8 strains) and XXXVIIIb2 (15 strains), contained only strains isolated from the two mineral waters, without any type or collection strains. DNA/DNA hybridization studies and 16S rDNA sequencing will be necessary to specify the taxonomic status of these five groups within the " fluorescent " Pseudomonas.