| Numéro |
Journal européen d’hydrologie
Volume 28, Numéro 3, 1998
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| Page(s) | 325 - 338 | |
| DOI | https://doi.org/10.1051/water/19982803325 | |
| Publié en ligne | 27 octobre 2010 | |
A numerical study of fluorescent Pseudomonas strains isolated from three Lebanese spring waters
Etude phénotypique par analyse numérique de Pseudomonas à pigment fluorescent isolées de trois sources d'eaux libanaises
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Service de Bactériologie-Hygiène, Faculté de médecine Henri Warembourg (Pôle recherche), 1, Place de verdun 59045 Lille, France
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Faculté de santé Publique, Section 3, Université libanaise, and CNRS Liban
A numerical analysis based on 161 phenotypic characteristics was performed with 58 strains of fluorescent pseudomonads isolated from 3 Lebanese spring waters, and 49 type or collection strains belonging or related to genus Pseudomonas. The data were analysed using the Dice similarity coefficient (SD) and the unweighted pair group algorithm with arithmetic averages. Eleven clusters (I to XI) were defined at the 72% similarity level. Clusters I, III to V, and VIII were further divided into 14 subclusters. Three subclusters: Vb (eight strains), Vd (seven strains) and Ve (nine strains), contained only strains isolated from the 3 Lebanese spring waters, without any type or collection strains. Genomic studies such as DNA/DNA hybridization and 16S rDNA sequence analysis will be necessary to specify the taxonomic status of these three groups within the genus Pseudomonas.
Résumé
Une analyse numérique basée sur 161 caractères phénotypiques est effectuée sur 58 souches de Pseudomonas à pigment fluorescent isolées de trois sources d'eaux Libanaises ainsi que 49 souches types ou de collection appartenant ou apparentées au genre Pseudomonas. La similitude entre les souches a été analysée par l'indice de DICE. La classification a été établie par la méthode hiérarchique d'agrégation selon la distance moyenne. Onze groupes (I à XI) ont été définis à un niveau de similitude de 72 %. Les groupes phénotypiques I, III à V, et VIII ont été subdivisés en 14 sous groupes phénotypiques. Trois sous-groupes : Vb (8 souches), Vd (7 souches) et Ve (9 souches) contiennent uniquement des souches provenant de trois sources d'eaux Libanaises, sans aucune souche type ou de collection. Des études génomiques telles que l'hybridation ADN/ADN et le séquençage de l'ARN 16S seront nécessaires pour définir la position taxonomique de ces trois groupes phénotypiques au sein du genre Pseudomonas.
© ASEES 1998