Caractérisation par hybridation ADN/ADN de trois groupes phénotypiques de souches de Pseudomonas isolées d'eaux minérales naturelles

Characterization by DNA/DNA hybridation of three phenotypic clusters of pseudomonas strains isolated from natural mineral waters

Laboratoire de Bactériologie, Faculté de Médecine, 1, place de Verdun - 59045 Lille Cedex

Résumé

Au cours d'un travail de taxonomie numérique portant sur des souches de Pseudomonas à pigment fluorescent isolées des eaux minérales naturelles et comparées à des souches de référence et des souches d'autres origines, ELOMARI et al. (1994) ont mis en évidence 14 groupes ou sous groupes phénotypiques. Trois d'entre eux, les groupes Ib, IIa et V qui rassemblent uniquement des souches provenant des eaux minérales ont été étudiés par hybridation ADN/ADN. Les souches du groupe Ib présentent entre elles un taux d'homologie supérieur à 80 %.

Le groupe IIa se divise en deux sous-groupes IIa₁ et IIa₂ dont les taux d'homologie sont respectivement de 84-100 % et 44-53 %. Le groupe V est formé de 15 souches dont 2 souches de P. fluorescens biovar III ; les taux d'homologie avec les deux souches de P. fluorescens biovar III laisse entendre que ce groupe pourrait appartenir à l'espèce P. fluorescens. Les deux groupes Ib et IIa₁ sont distincts génétiquement et forment deux nouvelles espèces.

Abstract

During a taxonomy studies concerning fluorescent Pseudomonas strains isolated from natural mineral waters and compared with type strains as strains from different origins, ELOMARI et al. (1994) described 14 phenotypic clusters or subclusters.

Three of these phenotypic clusters Ib, IIa and V including only strains from mineral waters were studied by DNA/DNA hybridization. Strains from Ib cluster show each other a level of homology higher than 80%.

According to the hybridization results obtained, the phenotypic group IIa (14 strains) could be subdivised into two subgroups IIa1 and IIa2. Their homology level are respectively 84 to 100% and44 to 53%. The cluster V is composed of 15 strains. Two of them are collection strains of P. fiuorescens biovar III.

Homology level of mineral waters strains with the two other collection P. fiuorescens strains of cluster V allow us to conclude that this cluster may belong to the Pseudomonas fluorescens species.

Clusters Ib and IIa are genetically different from each other and constitute two new Pseudomonas species.